北京医师协会于1999年11月成立，是北京地区注册的以执业医师、执业助理医师为主及单位会员自愿组成的全市性、行业性、非营利性的社会团体，是依据《中华人民共和国执业医师法》经原市卫生局同意，市社会团体行政主管机关核准注册登记的非营利性社团法人机构。是全国最早成立的地方医师协会。主管单位为北京市卫生健康委员会。

北京医师协会于2025年10月27日召开第六届会员代表大会

现任会长：蒋协远

常务副会长：李宁 副会长：王天有、田宝朋、付卫、许峻峰、纪智礼、李子禹、李继来、杨尹默、杨培蔚、吴 浩、吴英锋、张宏家、张澍田、季福绥、赵兴山

秘书长：葛艳玲

副秘书长：张玉兰、徐殿祥、薛海静

地址位于北京市东城区安定门东大街28号雍和大厦A座510室。

目前有68个专科医师分会、22个专家委员会。

协会主要开展以下活动：开展执业医师的定期考核和培训；加强二级机构建设；组织继续医学教育和学术活动；开展医师节系列活动，加强自律维权工作；完成政府委托工作；开展精准帮扶工作；开展北京优秀医师评选工作；支持医务人员开展医学研究、科学普及、互联网线上培训交流、推广新技术成果等工作；向政府及有关部门反映基层医师的意见、建议和要求；成立党建工作小组。

北京医师协会连续获得市民政局颁发的5A级社会组织证书。被市民政局、市人社局授予2015—2017年度先进社会组织称号。获得中国医师协会2015-2017年度以岭关爱医师执行团队称号。被中国医师协会授予2017、2019年度优秀地方医师协会称号。被市科协党建委授予2021年优秀党建工作小组称号。