在北京医师协会设立专科医师培训部，其职能为：负责贯彻落实领导小组和指导专家组及各专科分会对专科医师培训做出的重大决议，协调联络机构内各级领导、专家委员会及教学基地的工作落实情况，下设工作小组，建立培训网站,创办电子版《医学专科前沿导读》,收集医学专科最新前沿科技与临床研究进展信息及相关文献，以分类摘要导读的形式建立专科前沿知识库，为学员快速阅读了解最新前沿科技信息提供支持,并可根据需要提供相关文献。

在北京地区三甲医院竞争性遴选各专科培训基地，并与非培训基地医院联合形成区域专培教联体，其职能为：依据专培基地标准和管理办法，负责组织实施专培基地与专培教联体的建设与管理、教学课件制作、线下MDT教学，收集各专科领域研究进展成果，组织学术交流研讨以及督导检查、阶段测验和年度考核，所在医院须设置分管部门，提供所需场地、人力、物力及经费支持。